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三轮，小组赛参赛球队恢复为32支，均分成8组进行第一阶段小组赛，各小组前两名共16队进入第二阶段的小组赛，第三名进入欧洲联盟杯（欧洲足联欧洲联赛前尼龙足球网身，下面简称：欧联）第三轮；第二阶段小组赛分为4组，各小组前两名共8支球队晋级淘汰赛。2003/04赛季起，取消第二阶段小组赛，第一阶段小组赛各小组两名共16队直接进行淘汰赛。2009/10赛季起，外围赛由3轮资格赛和1轮附加赛组成。2012/13赛季起

1999/00赛季——皇家马德里、瓦伦西亚、巴塞罗那（同为西班牙球队，包揽决赛） 2002/03赛季——AC米兰、尤文图斯、国际米兰（同为意大利球队尼龙足球网，包揽决赛） 2006/07赛季——利物浦、切尔西、曼联（同为英格兰球队，冠军意大利AC米兰） 2007/08赛季——曼联、切尔西、利物浦（同为英格兰球队，包揽决赛） 2008/09赛季——曼联、切尔西、阿森纳（同为英格兰球队，冠军西班牙巴塞罗那） 历史上欧冠正赛阶段曾经出现过33次同协会球队德比（13次英格兰俱乐部之间，12次西班牙俱乐部之间，4次意大利俱乐部之间，3次德国俱乐部之间，1次法国俱乐部之间）

和南斯拉夫队之间进行，双方90分钟内打成1比1平，比赛进入加时赛，苏联队最终凭借终场前7分钟的进球，以2比1险胜南斯拉夫队，夺得冠军。苏联队的传奇门将列夫·雅辛因此届赛事而声名大振。1964年，第二届欧洲国家杯决赛阶段比赛在西班牙举行。最后决赛在东道主西班牙队和卫冕冠军苏联队之间进行。在主场79115名观众的大力支持下，西班牙队最后以2比1的比分夺得冠军。1968年，第三届欧洲足球锦标赛，有31支球队参加了预选赛，决赛阶段比赛在意大利举行，这是欧洲国家杯正式更名为欧洲足球锦标赛的首届赛事。本届比赛首次实施种子队制度，参加决赛阶段比赛的队伍共分为8个组，每组安排一个种子队，小组前两名进入四分之一决赛。小组赛中，阿尔巴尼亚队大爆冷门，通过加时赛将夺冠热门联邦德国队淘汰。决赛在南斯拉夫队和东道主意大利队之间进行，双方打成了1比1平，意大利队通过重赛2比0获胜尼龙足球网夺冠。1972年，第四届欧洲足球锦标赛决赛阶段在比利时举行。决赛在联邦德国队和苏联队之间进行，联邦德国队最后以3比0大胜苏联队夺冠。两年后，联邦德国队又夺得了世界杯冠军完成大满贯。